Genom-Veränderungen und RNA/Protein Expressions-Profile

Dieses Arbeitspaket involviert verschiedene Gruppen mit unterschiedlichen Fachbereichen und Aktivitäten. In vorherigen, gemeinsam bearbeiteten Studien haben die Gruppen primäre genetische Veränderungen, fehlregulierte Mechanismen in Zellzyklen und sekundäre genetische Veränderungen bei Mantelzelllymphomen analysiert. Diese Untersuchungen haben verschiedene genetische und molekulare Targets identifiziert, die eine bedeutende Rolle in der Pathogenese von MCL spielen und vielleicht als Prognosemarker genutzt werden können. Im aktuellen Projekt werden die Bemühungen durch Untersuchung klinischer Proben der Studienpatienten des European MCL Network auf die klinische Umsetzung der Erkenntnisse gerichtet, die aus globalen Genomik- und Proteomik-Studien gewonnen wurden. Die Gruppen werden in einem integrierten Netzwerk arbeiten, in dem sie Proben und Resultate austauschen, was es ermöglicht, verschiedene prädiktive Modelle aufzubauen und zu testen, die auf genomischen Veränderungen und Expressions- Profil- Signaturen basieren. Deshalb wird die Nijmegen Gruppe die genomischen Veränderungen in Mantelzelllymphomen untersuchen, unter Nutzung von Matrix CGH. Die Ergebnisse werden verglichen mit Mikroarray-Expressions-Daten, die in Barcelona und Würzburg erarbeitet werden; währenddessen wird die Ulmer Gruppe sich mit Hilfe von Real-Time quantitativer PCR der Analyse und Validität von potentiellen Zielgenen zuwenden. Die Barcelonaer, Würzburger, und Ulmer Gruppen werden auf der Grundlage einer kleinen Gruppe von Genen, die durch RQ-PCR und Immunohistochemie aus klinischen Proben mit limitierter Materialmenge durchgeführt werden können, prädiktive Modelle entwickeln. Diese kleine Auswahl an Genen wird durch die Resultate von Mikroarray- Studien selektiert.
Die Hannoveraner und Münchner Gruppen werden verschiedene Proteomik-Strategien zur Identifizierung potentiell interessanter Proteine in Tumor und Blutzellen der Patienten entwickeln, die möglicherweise hilfreich sein könnten neue Targets zur Beobachtung der Progression der Krankheit und Entwicklung von therapeutischen Strategien zu definieren.

Die verschiedenen Partner und Aufgaben dieses Arbeitspaketes sind:

Ludwig Maximilian University, München, Deutschland

Aufgabe: Proteomics, two-D Gels
M. Dreyling ist Assistenz Professor am Dept. für Medizin III/Universitätsklinikum Großhadern/LMU. Neben seinen klinischen Verantwortungen (Assistent Koordinator der German Low Grade Lymphoma Study Group, Project Koordinator des nationalen Kompetenznetzwerks „maligne Lymphome“, Co-Koordinator für das klinische European MCL Network), liegt sein spezielles Forschungsinteresse in der Rolle der Zellzyklus-Fehlregulationen und sekundären molekularen Veränderungen als biologisch prognostische Faktoren in Mantelzelllymphomen.

Pathologie des Cellules Lymphoïdes, Université Claude Bernard Lyon-1, Lyon (G Salles)

Aufgabe: vergleichende Mikroanordnungs- Analyse
(siehe WP III/1)

Hospital Clinic, University of Barcelona, Barcelona, Spanien

Aufgabe: Mikroanordnungs- Analyse, RQ-PCR
Die Hämatologische Abteilung der „Hospital Clinic“, University of Barcelona hat lange Erfahrung in allen Aspekten diagnostischer Hämatopathologie unter Einbeziehung von Morphologie, Immunophenotypisierung, Zytogenetik und molekularer Biologie. Die Forschungsarbeit der Gruppe, über die letzten 10 Jahre, konzentrierte sich auf genetische und molekulare Mechanismen, die in der Pathogenese von malignen Lymphomen involviert sind. Auf diesem Gebiet bahnte die Gruppe den Weg für die Erkennung von Cyclin D1 als eine spezifische Veränderung bei Mantelzelllymphomen sowie den Einfluss genetischer Veränderung in verschiedenen Zellzyklus- Regulatoren und die Rolle der DNA-Damage-Response-Gene in der Progression der Erkrankung. Die Gruppe nimmt Teil in verschiedenen internationalen Forschungsnetzwerken, wie zum Beispiel am European MCL Research Network und am Leukemia/Lymphoma Molekular Profiling Project.

Institute of Pathology, University of Würzburg, Würzburg, Deutschland

Aufgaben: Mikroanordnungsanalyse, tissue microarrays, Immunohistochemie
German Ott wurde ausgebildet als Hämatopathologe am Institut für Pathologie, Universität Würzburg/Deutschland (Prof. Dr. H.K. Müller-Hermelink). Während der letzten 10 Jahre leistete er wichtige naturwissenschaftliche Beiträge in der biologischen und genetischen Charakterisierung von MALT-Typ Lymphomen, follikulären Lymphomen, unterschiedlich großen B-Zell Lymphomen und Mantelzelllymphomen. Momentan ist er einer der Referenzpathologen im European MCL Research Network.
Andreas Rosenwald ist Arzt für Hämatopathologie am Institut für Pathologie, Universität Würzburg/Deutschland. Von 1999-2003 arbeitete er als Forschungsassistent im Labor von Dr. Louis Staudt am National Cancer Institute, Bethesda, USA, wo er Genexpressions- Profiling nutzte (Lymphochip microarray Technologie), um eine molekulare Klassifikation von B-Zell Non-Hodgkin Lymphomen zu erarbeiten und deren klinische Ergebnisse vorauszusagen. Kürzlich wurde Dr. Rosenwald zum Principal Investigator der Forschungsgruppe an der Universität Würzburg ernannt.
Beide Gruppenleiter sind aktive Partner im internationalen Leukaemia/Lymphoma Molecular Profiling Project (LLMPP).

MHH, Hannover, Deutschland

Aufgabe: Proteomics, SELDI
Dr. B Schlegelberger ist Vorsitzende des Institutes für Zell- und Molekulare- Pathologie, Medizinische Hochschule Hannover (MHH), Deutschland. Während der letzten 15 Jahre konzentrierte sie sich auf die Zytogenetische Charakterisierung von malignen Lymphomen, Klonen von Genen, die an der Lymphomgenese beteiligt sind, Entwicklung von FISH assays, Kombinierung von Immunophenotypisierung und FISH (FICTION) und Skizzierung deletierter Abschnitte, die vermutlich Tumorsuppressor- Gene enthalten.

Department of Internal medicine III, Universität Ulm, Deutschland

Aufgabe: Genetische Veränderung und Expressions- Profile: RQ-PCR
S. Stilgenbauer hat Langzeit Erfahrungen auf dem Gebiet biologischer und klinischer Studien von hämatopoetischen Malignomen und ist Koordinator des zentralen Referenzlabors der deutschen CLL Studien Gruppe (GCLLSG) und verschiedener multizentraler Behandlungsstudien.

Wichtige Erfolge dieser Gruppe in den letzten Jahren waren:

University Medical Center, Nijmegen, Niederlande

Aufgabe: Matrix CGH
J van Krieken ist Professor für Tumorpathologie am Department für Pathology, UMC Nijmegen Niederlande. Er wurde in Kiel/Deutschland (Prof Lennert) und Bethesda/USA (E. Jaffe) als Pathologe mit einer Subspezialisierung auf Hämatopathologie ausgebildet. Während der letzten 10 Jahre konzentrierte er sich auf genetische und immunologische Charakterisierung von malignen Lymphomen, klinisch- pathologische Studien und die Entwicklung neuer Diagnostikwerkzeuge unter Beteiligung molekularer Diagnostik.

Ziele:
Basierend auf neuen Entwicklungen innovativer molekularer Techniken (Matrix CGH, RNA Array chips, RQ-PCR, Proteomics), planen wir ein multimodales Konzept zur Beurteilung des vorrausehbaren Nutzen von groß angelegten Analysen genomischer Veränderungen und Genexpressions- Profilen auf mRNA- und Proteinebenen im Kontext mit kontrollierten klinischen Studien des European MCL Network:
RNA array/RQ-PCR analysis


Proteomics
Sekundäre molekulare Veränderungen sind bekanntermaßen verantwortlich für die Progression und den klinischen Verlauf von malignen Lymphomen. Jedoch ist neben der gut erforschten Rolle von p53- und p16- Veränderungen in der sekundären Transformation zu hoch malignen Lymphomen, nur wenig bekannt über solche sekundären Veränderungen bei Mantelzelllymphomen. Daher ist das Ziel des Projektes die Charakterisierung von sekundären prognostischen Markern basierend auf zweidimensionaler Proteinelektrophorese und subsequenter Identifizierung von verschieden Expressionen von Proteinen (MALDI-TOF). Zur selben Zeit wird das innovative Herangehen an Matrix CGH und Proteomanalysen (MALDI-TOF, SELDI) an die Analyse klinischer Patientenproben angepasst. Die Resultate werden verglichen, mit simultan durchgeführten RNA-Array-Analysen.